二硅钼棒的开采是一个需要结合地质勘探与专业冶金技术的系统工程。在开采前期必须进行详细的地质调查，通过X射线荧光光谱仪(XRF)和电感耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)等设备确定矿床中钼元素含量(一般工业品位需达0.06%以上)，特别要注意矿床中二氧化硅与钼的共生状态。矿体定位后通常采用地下开采法，这是因为大多数二硅钼矿脉都存在于坚硬的石英岩层中，且分布深度较大。
实际开采过程中会使用金刚石钻头(直径76-150mm)进行岩芯取样，配合高压注水技术来降低钻探产生的粉尘污染。与传统钼矿不同，二硅钼矿需要特别注意硅元素的回收价值，因此在爆破作业时要控制炸药当量(铵油炸药配比通常为94:6)，避免过度粉碎造成硅晶体结构破坏。采出的原矿会立即进行湿法预处理，用氢氧化钠溶液(pH值10-12)浸泡以防止钼元素氧化流失。
运输环节需使用防氧化专用集装箱(内衬聚乙烯材质)，运输温度需保持在15-25℃之间。值得关注的是，二硅钼棒开采后期要同步建设选矿厂，采用浮选-焙烧联合工艺(焙烧温度650-700℃)，这样才能将钼精矿品位提升至51%以上。整个过程需要实时监测粉尘中可吸入颗粒物(PM2.5)浓度，确保符合《有色金属工业污染物排放标准》要求。
